Ученый совет, без которого не может существовать ни одно научно-исследовательское учреждение, создан в Академии в целях коллегиального рассмотрения и решения наиболее важных вопросов научно-образовательной деятельности вуза. Вопросы, рассматриваемые на Ученом совете, делятся на три основных направления:
Одним из факторов активной деятельности Ученого совета Академии является постоянное расширение круга образовательных программ, внесение на рассмотрение новых дополнительных профессиональных программ повышения квалификации по востребованным отраслям.
Тимерханов Айнур Ахатович — исполняющий обязанности ректора Академии, председатель;
Галимов Тэймур Рустэмович — заместитель начальника Центра межрелигиозного диалога Академии, ученый секретарь;
Аббясов Рушан Рафикович — заместитель председателя Духовного управления мусульман Российской Федерации;
Хасанов Ильфар Ренатович — первый заместитель муфтия Духовного управления мусульман Республики Татарстан;
Раев Ринат Афраемович — муфтий, председатель Регионального духовного управления мусульман Челябинской и Курганской областей Центрального духовного управления мусульман России;
Гиззатуллин Рамиль Анасович — проректор по образовательной деятельности Академии;
Саяхов Руслан Линицевич — проректор по научной деятельности Академии;
Султанов Айнур Абдуллович — проректор по развитию Академии;
Аль-Захрави Мухамед Айман — преподаватель Академии;
Исмаил Болбол — преподаватель Академии;
Саиф Аль-Асри — преподаватель Академии;
Садыкова Эльмира Ленаровна — начальник Центра межрелигиозного диалога Академии;
Рахимов Сулейман Туктарович — начальник Центра исламского наследия Академии;
Саубанов Инсаф Тауфикович — обучающийся Академии;
Шаязданов Артур Альбертович — обучающийся Академии;
Фархетдинов Ильнар Явитович — обучающийся Академии.