Губайдулла Буби родился в январе 1866 года в селе Иж-бубый (Иж-Бобья) Сарапульского уезда Вятской губернии, ныне Агрызского района Республики Татарстан. Брат Габдуллы Буби и Мухлисы Буби. Образование получил в медресе «Буби» в Стамбуле.
В 1895 году после возвращения из Турецкой республики на родину вместе с братом приступил к переустройству медресе отца. 1895-1911 годах – руководил данном медресе, преподавал естественные дисциплины.
1911 год попал под репрессию по делу «Буби», в дальнейшем был оправдан. После разгрома медресе переехал жить в Уфу и преподавал физику и географию в различных медресе и школах. В общем количестве прожив в Уфе с 1912 по 1924 гг.
В 1924 году Губайдулла Буби назначают директор Казанского сельскохозяйственного техникума. На данной должности он пробыл два года. В 1927-1930 годах занимал пост директора школы в Коканде Узбекской ССР.
Автор учебников по географии, физике, естествознанию, этике, грамматике татарского языка, которые в 1898-1917 годах неоднократно переиздавались. Последние годы жизни, с 1930 по 1938 гг. жил в Ленинграде. Умер в 1938 году. В деревне «Иж-бубый» (Иж-Бобья)» открыт музей семьи Буби.
